Pěstování ovoce má v České republice velmi dlouhou tradici. První významné doklady o ovocnářství pocházejí již ze středověku. V období 13. až 15. století se začíná objevovat množství odrůd jabloní a hrušní, a to nejen v zámeckých a klášterních zahradách, ale i u poddaných. V 17. století vznikaly první ovocné školky. V souvislosti s tím se započalo se zakládáním zámeckých zahrad z tvarovaných jabloní a hrušní.

Velký rozvoj nastal v 18. století, kdy ovocnářství dostává organizovanou podobu prostřednictvím ovocnických spolků, které šíří nové poznatky. Od 19. století lze v České republice mluvit již o intenzivním ovocnářství. Vznikají specializované zahradnické školy a ovocnictví se začíná učit i na školách základních. Vycházejí rozsáhlá pomologická díla a jsou stanoveny vhodné odrůdy pro pěstování ovoce v jednotlivých oblastech České republiky. Po roce 1918, po vzniku československého státu, se rozvinul organizovaný ovocnářský výzkum, který počal do velkovýroby zavádět nové formy pěstování ovoce. Po druhé světové válce se začala výroba koncentrovat do specializovaných podniků ve výhodných výrobních oblastech.

K zakládání intenzivních nízkokmenných ovocných sadů s vyšší produkčním potenciálem započalo ve druhé polovině 60.let 20. století. Masivní rozvoj intenzivního ovocnářství pak nastal v 70. a 80. letech 20. století.

Po roce 1989 došlo k navracení půdy původním vlastníkům. Velké ovocnářské podniky byly v nejistotě a do ovocnářského odvětví se příliš neinvestovalo. Tou dobou vzniklo velké množství malých, zpravidla rodinných farem, často ovšem bez potřebných znalostí pro rozvoj oboru. V nelehké době se nacházel i ovocnářský výzkum se stále silnějším tlakem na privatizaci, ke které nakonec došlo v roce 1997.

Řešení kritické situace v ovocnářství značně napomohlo zavedení národní dotační podpory pro restrukturalizaci ovocných sadů. S podporou státu se do dnešních dnů vysadilo více než 9.000 ha moderních ovocných sadů s důrazem na kvalitu a odolnost pěstovaných odrůd.

Po vstupu do vnitřního trhu EU muselo dojít k dalšímu zvýšení konkurenceschopnosti ovocnářského odvětví, což v dnešní době znamená především zakládání výsadeb s velmi vysokým výnosovým potenciálem za současného snižování používání chemických látek. Výsledkem takových aktivit je pak zejména zdravé české ovoce z integrované produkce, které zákazníci nalézají nalézají v obchodní síti s označením SISPO (Svaz pro integrované systémy pěstování ovoce).